1.Сюжет
Доктор Эггман узнаёт об легенде. Считая её правдой, он находит Мастер Изумруд и разрушает его, высвобождая Хаоса(Существо которое века назад охраняло изумруды Хаоса). Цель Эггмана — подчинить себе Хаоса и использовать его разрушительную силу, чтобы собрать изумруды и захватить город. Для помощи Хаосу Эггман создаёт E-серию роботов — группу роботов, питающихся от энергии помещённых внутрь животных.

Когда Соник узнаёт о планах Эггмана, он и все его друзья вступают в борьбу за изумруды Хаоса.

2. Игровые персонажи
Соник Ёж
В истории Соника больше всего уровней; все они предполагают быструю и динамичную игру. Также ежику придется не один раз сразиться с Хаосом и в конце концов одолеть самую смертоносную его форму — Perfect Chaos’а.

Темой Соника является песня «It Doesn’t Matter», которую исполнил Тони Харнелл.

2.Майлз «Тейлз» Прауэр
При игре за Тейлза главная задача игрока — добраться до конца уровня быстрее Соника (или Эггмана — в зависимости от уровня). Тейлз бегает не так быстро, как Соник, но зато может на некоторое время подниматься в воздух и, используя специальные ускорители, значительно сокращать путь.

Темой Тейлса является песня «Believe in Myself», которую исполнила Карен Брейк.
3.Ехидна Наклз
Уровни Наклза — закрытые зоны, где ему надо найти куски Мастер Изумруда. Он может парить в воздухе и карабкаться по стенам, а также использовать специальные когти, чтобы откапывать скрытые под землей осколки.

Темой Наклза является песня «Unknown from M.E.», которую исполнил Марлон Сандерс.
4.Эми Роуз
Бегает Эми гораздо медленнее Соника и Тейлза, поэтому нередко ей приходится отбиваться от нагоняющего ее ZERO. Ее оружие — молоток «Пико-Пико» (ранее фигурировал в игре Sonic the Fighters). Считается, что у Эми самая короткая история из всех, так как в её истории меньше всего уровней.

Темой Эми является песня «My Sweet Passion», которую исполнила Никки Грегорофф.
5.Кот Биг
Его уровни почти целиком посвящены рыбалке. Основная его задача — поймать Фрогги, второстепенная — выловить любую крупную рыбу, чтобы заработать дополнительные очки в зависимости от размера пойманной рыбы.

Темой Бига является песня «Lazy Days (Livin' in Paradise)», которую исполнил Тед Поли.
6.Гамма
Уровни Гаммы — виртуальный тир, суть которого — успеть вовремя добраться до цели и уничтожить её (первый уровень — кукла Соник, второй — Фрогги, которого надо просто найти, в остальных — одного из роботов E-серии). Можно заработать дополнительное время, уничтожая противников и препятствия, используя бластер и устройство наведения, причём времени дается тем больше, чем чаще используется комбо.

Интересно, что Гамма — единственный персонаж с сюжетной линией, у которого отсутствует вокальная тема. Вместо неё у него инструментальный мотив с периодически повторяющимися «механическими» фразами на заднем плане.
7.Супер Соник
Супер Соник открывается после прохождения всех 6 сюжетных линий. Его история является продолжением истории Соника и соединяет всех героев вместе в борьбе с Совершенным Хаосом. Соник вбирает силу всех семи изумрудов Хаоса, чтобы бросить вызов самому Совершенному Хаосу и спасти город.

Темой Супер Соника (а также и всей игры) является песня рок-группы Crush 40 под названием «Открой сердце», которая проигрывается во время финальной битвы.

3. Мини-игры

Игра включает в себя 12 игр для приставки Game Gear из серии Sonic the Hedgehog как разблокируемые бонусы за прохождение игры. Если нажать кнопку start второго контроллера, экран разделится надвое и можно будет играть в две игры одновременно. Также доступна эмуляция кабеля Gear-to-Gear, которая позволяет играть вдвоём. Изначально коллекция миниингр должна была быть включена в версию для Dreamcast, однако этим планам не суждено было сбыться из-за ограничений по времени. То же самое касается последнего игрового персонажа Метал Соника. Новая игра разблокируется после получения игроком 20, 40, 60, 80, 100, 110, 120 и 130 эмблем также как и после выполнения 20, 40 и 60 заданий. Последняя игра открывается после получения всех эмблем и прохождения всех миссий.

Список миниигр:
Sonic the Hedgehog
Sonic Drift
Sonic Chaos
Sonic Labyrinth
Sonic the Hedgehog Spinball
Sonic the Hedgehog 2
Dr. Robotnik's Mean Bean Machine
Sonic Triple Trouble
Sonic Drift 2
Tails' Skypatrol
Sonic Blast
Tails Adventure